Trên thực tế có rất nhiều câu chuyện nói về nguồn gốc xuất xứ của cà phê theo những quan niệm khác nhau, nhưng lịch sử cà phê có thể được biết đến rộng rãi như sau.
Hoặc giả nhiều khi người ta phóng đại những chuyện nhỏ thành chuyện lớn cho “mùi” cà phê thêm đậm đà, chẳng hạn như “cà phê phân chồn” mà dân ghiền người Việt thường kể cho nhau nghe.
Câu chuyện lãng mạn hơn cả có lẽ là truyện một anh chàng chăn dê tên là Kaldi, người xứ Abyssinia:
Một hôm anh ta ngồi trên một tảng đá cạnh một sườn núi bỗng nhận ra đàn dê vốn dĩ ngoan ngoãn hiền lành của mình đột nhiên có vẻ sinh động lạ thường. Sau khi đến gần quan sát kỹ hơn, Kaldi thấy những con dê đã đớp những trái màu đo đỏ ở một cái cây gần đó. Anh ta cũng liều lĩnh bứt một vài trái ăn thử và cũng thấy mình hăng hái hẳn lên, tưởng như tràn đầy sinh lực.
Người chăn dê nghĩ rằng mình đã gặp một phép lạ, vội vàng chạy về một tu viện gần đó báo cho vị quản nhiệm. Nhà tu kia sợ rằng đây chính là một thứ trái cấm của quỉ dữ, lập tức vứt những trái cây chín đỏ kia vào lò lửa. Thế nhưng khi những hạt kia bị đốt cháy tỏa ra một mùi thơm lừng, người tu sĩ mới tin rằng đây chính là một món quà của Thượng Ðế nên vội vàng khều ra và gọi những tăng lữ khác đến tiếp tay. Những hạt rang kia được pha trong nước để mọi người cùng được hưởng thiên ân.
Ngoài câu chuyện trên, cà phê được ghi nhận từ lâu đời, bắt nguồn từ Ả Rập qua châu Âu, châu Mỹ rồi toàn thế giới.
Trước thế kỷ thứ X, thổ dân thường hái ăn cà phê, dùng như một loại thuốc kích thích. Trái cà phê chín được giã ra trộn với mỡ súc vật nặn thành từng cục tròn để dùng làm thực phẩm khi đi đường xa. Về sau cà phê được dùng làm thức uống nhưng cũng khác phương cách ngày nay. Thời đó người ta chỉ ngâm nước những trái cà phê rồi uống, mãi tới thời trung cổ người Ả Rập mới biết tán ra bỏ vào nước sôi.
Thức uống đó chẳng mấy chốc trở nên nổi tiếng và người Ả Rập rất tự hào về phát minh này và quyết giữ bí mật để bảo tồn độc quyền sản phẩm này. Những khách hành hương được thưởng thức nước cà phê đã lén lút đem hạt giống về trồng nên chẳng bao lâu khắp khu vực Trung Ðông đều có trồng, và truyền đi mỗi lúc một xa hơn nữa.
Đến thế kỷ thứ XIII, cà phê đã thành một thức uống truyền thống của người Ả Rập. Những quán cà phê với tên là “qahveh khaneh” hiện diện khắp nơi, từ thôn quê tới thành thị. Dần dần chúng trở thành những nơi sinh hoạt, với đủ loại giải trí từ âm nhạc đến cờ bạc và các triết gia, chính trị gia, thương gia thường lui tới để tụ tập bàn luận sinh hoạt xã hội và công việc làm ăn.
Thế nhưng khung cảnh nhộn nhịp của các “hộp đêm” cũng làm cho giới cầm quyền e ngại. Sợ rằng những phe đối lập có thể tụ họp bàn chuyện chống đối nên nhiều lần triều đình đã ra lệnh cấm và đóng cửa các coffee houses này nhưng không thành công. Không những thế, việc cấm đoán lại còn khiến cho việc uống cà phê trở thành thói quen của thường dân, kiểu cách uống cũng được nghi thức hóa.
Những thương gia đi tới những quốc gia Ả Rập và Thổ Nhĩ Kỳ đem thói phong lưu này về bản xứ là châu Âu. Kiện hàng cà phê được ghi nhận lần đầu tại Venice vào năm 1615 do Thổ Nhĩ Kỳ gửi đến. Khi cà phê truyền tới Rome, một lần nữa các nhà tu lại kết án đây là một thức uống của ma quỉ (the drink of the devil), và việc tranh chấp gay go đến nỗi Giáo Hoàng Clement VIII phải yêu cầu đem đến một gói cà phê mẫu để chính ông dùng thử. Vị chủ chiên kia chỉ mới uống một lần đã “chịu ngay” và thấy rằng thật ngu xuẩn xiết bao nếu cấm giáo đồ Thiên Chúa không cho họ uống cà phê.
Ðược Giáo Hoàng chấp thuận, số người uống cà phê lập tức gia tăng và chẳng bao lâu quán cà phê đầu tiên ở Châu Âu được khai trương tại Anh Quốc năm 1637 do một doanh gia tên là Jacob (người Do Thái, gốc Thổ) mở tại Oxford. Tiếp nối đó là một quán cà phê khác ở London và rồi nhiều thành phố khác. Người ta bảo rằng những quán đó rất dễ nhận ra vì ở xa xa đã ngửi thấy mùi cà phê thơm nức, tới gần hơn thì bao giờ cũng có một bảng hiệu với một ly cà phê nghi ngút hay hình một vị tiểu vương xứ Trung Ðông.
Những quán mở gần trường đại học bao giờ cũng đông nghẹt giáo sư và sinh viên nên được gọi bằng cái mỹ danh “đại học một xu” (penny universities) vì giá của một ly cà phê thuở đó chỉ có một penny và người ta chỉ tốn bấy nhiêu cũng thu thập được rất nhiều kiến thức qua những buổi “thuốc lá dư, cà phê hậu”, có khi còn nhiều hơn là miệt mài đọc sách. Chẳng biết những lời tuyên bố đó có đúng hay không nhưng truyền thống đó không phải chỉ ở nước Anh mà lan qua nhiều quốc gia khác, cho đến Việt Nam, quán cà phê vẫn là nơi mà sinh viên hay đến để suy tư nhiều hơn cả.
Ðến cuối thế kỷ 17, hầu hết cà phê trên thế giới đều nhập cảng từ các nước Ả Rập. Cũng như ngày nay người ta kiểm soát dầu hỏa, vào thuở đó các nước Trung Ðông rất chặt chẽ trong việc sản xuất và xuất cảng cà phê, và chỉ được mang hạt ra khỏi xứ sau khi đã rang chín nên hầu như không ai có thể gây giống để đem trồng nơi xứ khác. Người ngoại quốc cũng bị cấm không cho bén mảng đến những đồn điền cà phê. Thế nhưng dù có nghiêm nhặt đến đâu thì cũng có người vượt qua được.
Sau nhiều lần thất bại, người Hà Lan là dân tộc đầu tiên lấy giống được loại cây này đem về trồng thử trên đảo Java (khi đó là thuộc địa của họ). Thế là giống cây quí đã truyền sang Âu Châu mặc dù vẫn chỉ có thể trồng trong nhà kiếng.
Năm 1723, một sĩ quan hải quân Pháp trẻ tuổi tên là de Clieu, khi về nghỉ phép tại Paris, đã quyết định đem cây giống này về xứ Martinique là nơi anh ta đang trú đóng trên chiếc tàu xuôi nam. Chuyến đi trải qua nhiều gian nan, từ việc một gián điệp Hà Lan toan đổ một loại thuốc độc vào cây non, cho đến việc hải tặc chặn cướp con tàu rồi khi tới gần điểm đến, chiếc thuyền lại gặp bão suýt chìm.
Bĩ cực thái lai, sau cùng de Clieu cũng thành công trong việc mang được cây cà phê trồng một nơi kín đáo, cắt ba thủy thủ canh gác ngày đêm. Chẳng bao lâu cây đơm bông kết trái và chỉ hơn 50 năm sau tính ra đã có đến 18 triệu cây cà phê trồng trên hòn đảo này. Ngành buôn cà phê nay trở thành một cạnh tranh gay gắt giữa Hà Lan và Pháp và chính việc tranh chấp giữa hai nước đã đưa đến một biến cố “ngư ông đắc lợi“. Trong khi hai nước có những bất đồng không thể giải quyết, họ đã nhờ chính quyền Brazil đứng ra dàn xếp.
Trong hội nghị phân biện giữa hai bên, Brazil đã gửi một sĩ quan trẻ tuổi tên là Palheta đến làm đặc sứ. Palheta không những điển trai lại còn lanh lợi, khéo nịnh đầm đúng như truyền thống của một nhà quí tộc, chỉ trong ít ngày đã “tán dính” ngay bà vợ của viên Thống sứ đảo Guiana thuộc Pháp và bí mật yêu cầu người tình lấy cho mình ít hạt giống “làm kỷ niệm“. Trong buổi dạ tiệc tiễn đưa vị sứ thần, bà vợ viên Thống sứ đã tặng cho Palheta một bó hoa theo đúng phép lịch sự của Pháp, kèm theo một ám hiệu kín đáo. Nằm giữa bó hoa là những hạt cà phê tươi mà người Brazil đang thèm thuồng. Và đây là khởi đầu cho giống cà phê trồng tại Brazil, biến các quốc gia Trung, Nam Mỹ thành những đế quốc cà phê lớn vào bậc nhất thế giới.
Cà phê do người Hà Lan truyền đến Bắc Mỹ vào năm 1660 ở vùng New Amsterdam. Bốn năm sau, người Anh chiếm vùng này và đặt tên là New York. Vào lúc đó, cà phê đã thành một thức uống quen thuộc thay bia vào bữa ăn sáng. Quán cà phê đầu tiên cũng giống cách thức ở Luân Ðôn, tương tự như một quán trọ, có phòng cho thuê, cung cấp bữa ăn, có bán rượu, chocolate và cả cà phê.
Thoạt tiên, cà phê chỉ dành cho giới thượng lưu trong khi trà phổ thông hơn, gần như khắp mọi tầng lớp. Thế nhưng đến năm 1773, khi Anh hoàng George đánh thuế trà và người dân Mỹ nổi lên chống lại thì tình hình thay đổi. Người Mỹ giả dạng làm dân da đỏ tấn công những tàu chở trà đem hàng hóa đổ xuống biển. Biến cố lịch sử dưới tên Boston Tea Party đã làm cho người Mỹ nghiêng qua uống cà phê và chẳng bao lâu thức uống này biến thành một loại quốc ẩm.